Для зберігання болгарського перцю відбирають плоди технічної зрілості. Перед закладанням на дозрівання їх необхідно перебрати і відсортувати, щоб позбутися від пошкоджених. Тонкостінний перець краще зберігати в холодильниках. У плодів зрізають плодоніжку, залишаючи невеликий кінчик.