Основна частина коренів яблуні розташовується в найбільш родючому і рихлому грунтовому шарі на глибині 20-80 см. Окремі коріння спрямовані вертикально вниз і можуть йти в пошуках води на глибину до 5 м, а в посушливих місцях – до 10 м.